일본에서는 메이지 유신 이후 서양의학과 현대의학을 배워 의사면허를 취득한 사람만 의사업을 할 수 있도록 하였으므로 일본에는 한국식의 한의사나 중국식의 중의사가 존재하지 않는다. 그 대신 서양의학과 현대의학의 한계를 느낀 의사들이 전통 한방의학(漢方医学)을 연구하고 진료에 활용하고 있다. 한국과는 다르게 한방의사라는 직업은 따로 없고 주로 의과대학에서 현대의학을 배운 의사 밑에 인턴/레지던트 전문의 양성 과정에서 전통 한방의학을 배운 한방의 전문의라는 전문의 제도가 따로 있다. 한방의 전문의가 내과 전문의처럼 있어서 한방약(생약)을 처방해준다.

 대신 일본은 에도시대 때부터 맹인 위주로 침과 뜸을 두는 침사와 뜸사를 따로 운영하는 방식이 있어왔는데, 이는 중국과 한국에는 없는 방식이 이었다. 에도막부 말기부터 메이지유신 이후, 한방의사는 서양식 의사로 대체되어갔지만, 서양의학에는 침구술이 없었으므로 맹인 직업 보호라는 목적으로 침사와 뜸사를 유지하게 되었다고 한다. 

 제2차 세계대전 이후로는 현대의학으로 발달로 맹인의 숫자가 줄자 침구사 제도를 비장애인에게 개방하여 운영 중이 있다고 하네요. 한방의 의사는 한방약 처방을 주로하고, 침구사가 침술과 뜸을 두는 형태가 현재 일본의 한방의학 방식이라고 합니다. 

 반면, 한국은 1962년 이후로는 사실상 침구사(1962년 이전 침구사 면허를 획득한 사람은 직업 보호 목적으로 인정했는데, 현재 침구사는 2명만 남았다고 함.) 면허 제도를 폐지해서 사실상 한의사만이 침과 뜸, 한약 처방도 같이 할 수 있는 직업입니다. 한의사 전문의 과정에 따로 침구의학과를 따로 두고 있습니다.