보완수사권 폐지를 걱정하는 쪽의 핵심 논리는 '검찰 권한을 지키자' 가 아닙니다.
핵심은 다른 데 있습니다. 

기소 여부를 판단해야 하는 검사가 최소한의 사실관계조차 직접 확인할 방법이 없어진다면, 결국 국민의 권익이 침해당할 수 있다는 점을 우려하는 것입니다.

대통령도 그런 취지에서 말씀하신 것으로 이해합니다. 
보완수사권을 전면 폐지하기보다는 이미 송치된 사건에 한해 기소 여부를 판단하는 데 필요한 범위에서만 보완수사를 허용하자는 겁니다.

새로운 범죄나 새로운 피의자로 수사를 확대하지 못하도록 법으로 명확히 막거나, 보완수사 기간도 제한하고, 법원의 통제와 사후 점검등 여러 측면으로 접근해서 숙의해보자는 얘기죠.

실무에서는 보완수사권이 완전히 폐지될 경우 세 가지를 가장 우려합니다. 
첫째, 억울한 사람이 기소되는 것
둘째, 범인인데 증거 부족으로 빠져나가는 것
셋째, 경찰과 공소청이 사건을 서로 주고받으며 
        시간이 지체되는 것입니다.  

폐지론자들은 이런 우려는 하지 않는것 같습니다.
그분들의 주요 논거는 과거 검찰의 권한 남용 사례를 들며, 여전히 그렇게 할것이니 검찰에 수사권을 조금이라도 남겨서는 안 된다고 주장하는 것입니다.

그래서 그분들에게 알려드립니다. 법이 바뀌었습니다. 
지금은 직접수사와 인지수사 등을 못하게 돼있죠.
즉, 과거처럼 사건을 발굴해서 수사를 개시하는 것 자체를 못합니다. 당연히 보완수사권으로도 수사 시작도 할수 없습니다. 또한 무한정 수사를 확대하는 방식의 수사권 남용도 제도적으로 훨씬 어려워졌습니다.

그리고 폐지론자들은 경찰권 비대를 견제할 장치가 있는데 뭐가 문제냐 그럽니다.
물론 김용민·박은정 의원 등이 추진해 온 검찰개혁안에는 경찰 등 수사기관의 권한 남용과 인권침해를 견제하기 위한 장치들은 담겨 있습니다. 

하지만 핵심은 그게 아닙니다. 
수사감독관이나 국가수사위원회를 두는 것은 경찰의 권한 남용을 통제하는 장치일 수는 있습니다. 하지만 그것이 경찰의 부실수사나 사실관계 누락을 보완해 주는 장치는 아닌거죠. 

보완수사권을 아예 없앴을 때 생길 수 있는 부실수사나 증거 부족, 그로 인해 잘못 기소되거나 반대로 범인을 놓치는 문제를 어떻게 막을 것인지에 대해서는 아직 뚜렷한 대책이 안나오고 있습니다.

검찰개혁의 방향에는 공감합니다만, 검찰에 대한 처벌이 개혁의 목표가 되어선 안됩니다.
보완수사권까지 무조건 없애기 보다는 그 과정에서 국민이 억울한 피해를 입지 않도록 하는 장치 역시 함께 논의되고 마련해야 한다고 생각합니다.