1. 나리타에서 도쿄까지 왕복 이동은 나리타 익스프레스가 가장 저렴합니다. (14일 이내 사용제한이 있습니다만 3박4일 일정이니 상관 없으실 듯). 가격은 성인 5,000엔(6~11세 아동은 2,500엔)

2. 도쿄내에서 지하철,버스,JR을 1일 무제한 이용하는 자유승차권이 1,600엔(아동 800엔)인데 이게 본전 뽑으려면 최소 6회 이상 탑승해야 하는데 진짜 엄청 돌아다니지 않는한 도쿄에서 하루에 교통비 1,600엔 이상 쓰는게 쉽지 않습니다.
그러니 이동동선 확인해보시고 1,600엔이 넘지는 않겠다 싶으시면 스이카(Suica)나 파스모(pasmo) 같은 선불충전식 교통카드(편의점이나 자판기 결재도 가능)를 구매하시는 게 교통수단 환승시등을 감안하면 편의성도 좋을겁니다.
그리고 가족중에 아동(6~11세)가 있으시면 아동용 교통카드를 구매하시면 절반가인 아동교통요금으로 처리됩니다

나리타 익스프레스, Suica, Pasmo의 구매방법은 네이버에서 검색하셔도 쉽게 찾을 수 있습니다.

저도 들었는데 나리따에서 도쿄까지 가장 저렴한건 버스라고 합니다.

아이폰이면 Suica 설치해서 한국카드 연결해서 사용 가능합니다. 아니면 윗분 말씀 처럼 선불카드 고고입니다.