상호 검색의 경우 네이버가 카카오보다 좀 더 정확한 경우가 많습니다.
대체로 새로운 정보 업데이트는 네이버지도가 빨라요.
네이버지도의 이용자 수가 더 많은 탓도 있고, 네이버지도는 새로운 정보 제보를 하면 네이버페이로 보상해주는 제도가 있어서 그렇기도 합니다.

UI는 카카오맵 처음 나왔을 때, 구글맵의 UI를 그대로 복붙했기 때문에 구글맵 썼던 유저라면 익숙한 경향이 있는데..
지금은 카카오맵도 구글맵 카피했던 시절에서 한번 더 UI를 엎었기 때문에 완전히 구글맵과 같다고 보긴 어려워요.

퍼포먼스는 네이버지도가 PC에서 고생한 적이 있는데, 지금은 네이버지도 PC맵은 카카오맵처럼 비트맵 기반으로 다시 돌아왔습니다.
모바일어플의 경우 카카오맵은 비트맵 기반이고, 네이버지도는 풀벡터라서 카카오맵이 조금 더 가볍긴합니다. 그런데 플래그십 폰이라면 어차피 네이버지도에서 버벅임 느낄 수 없어요.

대중교통 길찾기의 경우 네이버지도는 중간 지점의 버스정류장을 누르면, 그 정류장에서 같은 방향으로 가는 버스만 필터링해서 깔끔하게 보여주지만, 카카오맵은 그 정류장의 모든 버스를 보여줍니다(...)
그런데 단순하게 근처 버스정류장의 도착 정보를 볼 때는, 카카오맵이 터치 영역이 넓어서 좀 더 편합니다.
네이버지도에서 버스정류장 터치하려면 하단에서 대중교통 탭을 활성화해야만 버스정류장 아이콘 누르기 편해져요.

지하철 정보의 경우 카카오는 실시간 도착 정보를 보여주지만, 네이버는 오직 시간표 정보만 보여줍니다.
시간표 제대로 안 지키기로 유명한 몇몇 노선(경의중앙선 등)은 시간표 정보가 무용지물해지죠.
근데 지하철은 카카오지하철 어플 따로 설치해서 보시는걸 추천.

내비게이션은 네이버는 맵피와 제휴했던 시절에 맵피UI를 그대로 가져와서, 갈림길 안내 UI가 좋은 편이고..
카카오쪽의 내비게이션은 김기사 기반인데, 카카오택시 때문에 점유율이 치솟았던지라 카카오내비도 많이 씁니다.
카카오는 카카오내비 어플이 따로 또 있긴 한데, 굳이 설치 안하셔도 됩니다만.. 설치하셔도 되고 취향대로 하세요.

로드뷰와 거리뷰의 사진 데이터는 아직까지도 서비스를 먼저 시작한 카카오 쪽이 더 많이 쌓여있습니다만,
서울 안이라면 두 지도 다 들어가보는게 좋습니다. 서울은 가게가 빠르게 바뀌어서 도로에서 보는 풍경 정보도 자주 변하는데, 둘 중 어느쪽이 최신인지는 엎치락 뒷치락 하면서 계속 바뀌거든요.
대체로 카카오맵이면 충분하지만, 도로에 따라선 드물게 카카오맵이 1~2년 더 늦는 경우도 있습니다.

실내지도는 네이버에만 있습니다. 큰 쇼핑몰이나 지하상가의 실내 구조를 지도에서 볼 수 있어요.
카카오는 2010년경 실내로드뷰라는걸 도입해서 지하철 역 중심으로 조금씩 데이터 쌓다가.. 어느 순간 기능을 삭제하더군요.