저도 긍금하네요;; 그냥 애플의 고집?? ⓘ

mov는 h.264의 컨테이너 표준입니다.

아주 옛날에야 mov가 avi보다 화질면에서 비교우위에 있었지만 동영상코덱기술이 발전한 최근에는 뭐 거의 비슷한 수준입니다. wmv는 윈도미디어플레이어에서 쓰는 방식인데 인터넷 방송들이 예전에 많이 채택했습니다. mkv는 avi와 거의 비슷한 방식을 쓰는데 자막이나 인덱싱을 포함하는 방식이라 dvd쪽에서 많이 쓰고요. mp4는 mpeg에서 내놓은 표준인데다가 압축률이 좋아서 휴대용기기에 많이 쓰이는 것으로 알고 있습니다.

요즘에는 워낙 코덱기술이 좋아서 딱히 장단점은 없습니다. 맥에서도 변태코덱을 쓰지 않는 이상 웬만한 영상은 다 재생되고요.

mov, avi 둘다 코덱이 아니라 컨테이너입니다.

음. 일단 다 컨테이너죠. 여러 코덱을 담을 수 있는 파일 확장자입니다.

mov 는 h.264 코덱을 사용하는데 애플이 개발해서 맥에서 mov 가 기본포캣인거고요.
mp4 는 mpeg4 코덱을 사용합니다. 요새 휴대용 기기들이 대부분 지원하죠.
avi 는 만능 컨테이너에요. 다양한 코덱을 넣을 수 있어서 윈도우에서 통합코덱 파일을 별도로 설치하거나 이미 설치된 플레이어를 사용해야만 합니다. 그래도 때때로 오류가 생기죠.
mkv 역시 h.264 를 주로 사용하고 보통 아주 높은 압축을 쓸 때 사용하는 것 같네요.(그래서 컴이 버벅이는 경우가 가장 많은)
wmv 는 wmv8,9 등을 사용하는 컨테이너고요.
(각 컨테이너가 다른 코덱을 더 포함할 수 있을지도 모르겠습니다. 저도 완벽히 아는건 아닌지라)

컨테이너에 따른 장단점은, 예를들면 어떤 컨테이너는 자막을 여러개를 영상과 분리해서 넣을 수 있습니다. 파일 내에 자막을 삽입해두면 플레이어만 지원하면 별도의 자막 파일 없이도 깔끔하게 자막을 text로 표현하는거죠. 음성을 여러개 넣어놔서 영어음성/한글음성 등을 선택해서 들을 수 있는 것도 있고요.

코덱에 따른 장단점은 압축률과 유/무료겠죠. 압축률이 높으면 동일 용량에서 화질이 더 좋습니다. 물론 지금 와서는 압축률만 보면 최신 코덱들끼리 그렇게 큰 차이는 없어요.

mpeg4 가 적당한 시기에 자리잡아서 (특히 국내) 휴대용 디바이스에 자리매김했고,
h.264 는 플래시를 지원하면서 무료라서 폭넓게 자리잡고 있습니다. 스토리지/회선비용이 중요한 서비스(Ex. 유투브->동영상 용량을 최대한 적게 해야 함)나, 또는 고화질(40기가짜리의 블루레이 파일을 4,8,16기가 등으로 압축한다라든가)에서 대표적으로 사용되죠. 무료가 뭐 언제부터 유료가 된다 여러가지 말이 있는데 저도 더 자세히는 모르겠네요.